Argumentos en contra de la FIV.
La hiperestimulación ovárica que se necesita hacer a la mujer para conseguir varios óvulos
El tráfico de gametos (aunque la ley prohibe pagar por donar óvulos...) que se genera para conseguir donantes de óvulos, a los que se paga "para compensar las molestias"
La selección embrionaria con las modernas técnicas de diagnóstico genético preimplantacional, que impiden la posibilidad de nacer a los embriones con defecto.
El problema de los embriones sobrantes.
La controversia de los embriones sobrantes.
Cuando se generan embriones múltiples tras la FIV, los pacientes pueden elegir congelar los embriones que no se transfieren al útero de la mujer. Esos embriones se mantienen en nitrógeno líquido congelados hasta un máximo de 5 años. La ventaja es que los pacientes que no consiguen concebir tras el primer ciclo pueden reintentarlo utilizando los embriones congelados, sin tener que realizar de nuevo un ciclo de FIV completo: sólo tendrían que realizar la transferencia de dichos embriones, sin pasar de nuevo por la estimulación, la extracción y la fecundación. O, en el caso de pacientes que consiguen un embarazo, pueden mantenerlos para un segundo embarazo posterior. Los embriones restantes procecentes de FIV pueden donarse a otras mujeres o parejas para reproducción o para investigar con ellos.

Si, a pesar de todo, siguen existiendo embriones criopreservados que, por el tiempo transcurrido o por otras razones, no vayan a utilizarse para su implantación, las dos alternativas posibles (que normalmente están reguladas por leyes estrictas) son la donación para la investigación y la destrucción. En el caso de donación de embriones para investigación, ésta se debe llevarse a cabo en centros acreditados y en base a proyectos autorizados por las autoridades correspondientes. Normalmente, se establecen plazos postfecundación para la investigación en los embriones y, una vez terminada la investigación, no se permite llevar a cabo una transferencia embrionaria con ellos. La investigación con embriones procedentes de FIV ha permitido hasta el momento la realización de estudios en células madre, de gran importancia en la comprensión del desarrollo embrionario y en el avance de las terapias regenerativas de tejidos. En cuanto a la destrucción de los embriones congelados, se considera como última alternativa, a petición explícita de los progenitores, o bien cuando no los quieran para ellos y no hayan autorizado la donación a otras parejas ni la investigación en ellos. Tanto la utilización de embriones para fines de investigación como su destrucción generan extensos debates éticos entre partidarios y oponentes, que se traducen en leyes que limitan las posibilidades existentes, muy variables dependiendo de los países.
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